本发明提供了一种三疣梭子蟹耐盐碱的分子标记C261及其应用。所述分子标记C261的的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,而用于检测该分子标记C261的引物对的核苷酸序列如SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示。所述的分子标记C261为Indel标记,其耐碱基因型为插入纯合基因型。本发明提供的分子标记C261可以不受三疣梭子蟹生长阶段的限制,明显加快三疣梭子蟹的选育进程以及快速选育出具备耐受盐碱的优良性状的蟹种,并且使用该分子标记C261检测三疣梭子蟹耐盐碱的性状准确可靠且操作简单